El personal de la Asociación Hermano Pablo le rinde cuentas a una junta directiva voluntaria e independiente compuesta de reconocidos y respetados empresarios y líderes cristianos. La junta directiva determina los salarios de todos los empleados y aprueba el presupuesto anual. Un contador independiente le hace entrega del registro financiero a la junta directiva para su aprobación. (Cualquier donante que desee examinar en qué gastamos los fondos puede solicitar una copia del informe financiero anual.)

La junta directiva está compuesta de once miembros, entre éstos, tres miembros del comité ejecutivo y el presidente de la junta. Los miembros de la junta fungen por períodos de tres años. Los miembros del comité ejecutivo se reúnen en el transcurso del año conforme sea necesario, mientras que la junta directiva completa sesiona el último viernes de cada febrero. Una agenda típica incluye discusión y votación de las metas y estrategias del ministerio, informes de parte del presidente, y la presentación y aprobación del informe financiero y del presupuesto.

Además de la junta directiva, la Asociación Hermano Pablo cuenta con el servicio voluntario de un Consejo de Asesores, compuesto por quince a veinticinco miembros. Se mantiene comunicación con estos miembros en el transcurso del año a fin de recibir asesoría de parte de ellos en las áreas de su pericia específica, y se espera que promuevan el ministerio, su eficacia y sus metas entre aquellos que no están al tanto.